分子相互作用実験：CLIP紫外線接着剤免疫沈殿

一、技術概要

CLIP（架橋免疫沈殿架橋免疫共沈殿）結合によるUV架橋タンパク質とRNAとの相互作用の結合部位を分析するための免疫共沈殿法が用いられる。

二、技術原理

CLIP技術は紫外線照射を利用して細胞内のRNAとRNA結合蛋白（RBP）に共有結合架橋を発生させ、その後免疫沈殿の方法を通じて特定のRBPと結合したRNA断片を濃縮し、さらに逆転写と高フラックス配列測定などのステップを経て、RBPの体内におけるRNA結合部位と結合配列情報を取得する。

三、応用シーン

1.蛋白質−RNA相互作用の研究：体内における特定蛋白質のRNA結合部位と結合配列を確定し、転写後の蛋白質の調節における作用機序を明らかにする。

2.疾病関連研究：正常と疾病状態におけるRBPのRNA結合状況を比較することにより、疾病の発生、発展に関連するRNA結合事件と制御ネットワークを発見した。

3.薬物開発：薬物開発のために新しい標的と作用機序を提供し、特定のRNA結合蛋白質またはその制御されたRNA分子に対する薬物の開発を支援する。

4.生物情報学分析：CLIP-seqデータの生物情報学分析を通じて、RNA結合蛋白の結合部位と結合パターンを予測し、RNA制御ネットワークなどを構築する。

四、技術優勢

1.invivo insitu検出：生体細胞内で蛋白質とRNAの相互作用を捕捉し、invivoの生理状態をリアルに反映することができる。

2.より高い特異性と厳格な精製：特異性抗体またはラベルによる架橋複合体の精製は、非特異的に結合したRNAと蛋白質を効果的に除去し、結果の信頼性を高めることができる。

3.結合高フラックス配列決定：高フラックス配列決定技術と結合し、全ゲノム範囲内でRBPのRNA結合部位と結合配列を鑑定し、豊富な情報を得ることができる。

五、サンプルタイプ

新鮮な細胞（壁貼り細胞／懸濁細胞）、紫外線架橋後の細胞サンプル。

六、サンプル需要

細胞サンプル：約1×10 ^ 7個（10 cm皿1個、または懸濁細胞の形で遠心管に保存するか、T 75本1個）、

架橋細胞サンプル：254 nm、150 mJ/cm²標準UV架橋処理細胞。

七、サンプル準備&輸送

生細胞サンプル：距離が近い方は皿/T 75本/遠心管内に養生された新鮮細胞サンプルを常温宅配便（遅くとも翌日到着）で輸送でき、市内でフラッシュまたは直接配達することができる、

架橋後の細胞サンプル：−80℃凍結保存ドライアイス輸送。

八、提供する試薬

検査用ChIP級抗体。

九、実験周期

1～2週間（シーケンシングを含まない）

十、その他

後続検査でRT PCRを選択する場合、後続検査の位置を提供する必要がある。