- メール
- 電話番号
-
アドレス
上海市北青道路6725弄6号2棟2階B区
上海研謹生物科学技術有限公司
上海市北青道路6725弄6号2棟2階B区
環状RNAチップカスタム検出サービス
実験技術の紹介: 環状RNA(ircRNA)は従来の線形RNAとは異なる新しいタイプのRNAであり、閉じた環状構造を有し、真核転写群に大量に存在する。大部分の環状RNAはエキソン配列から構成され、異なる種において保存性を持ち、同時に組織及び異なる発育段階の発現特異性が存在する。ために環状RNAヌクレアーゼに敏感ではないので、線形RNAよりも安定しており、これにより、環状RNAは新しい診断マーカーとしての開発応用に明らかな優位性を持つことができる。最近の研究によると、環状RNAは異なる種においてmiRNAスポンジの役割を果たし、競合内因性RNA(ceRNA)と呼ばれ、miRNAと競合的に結合することができる。疾患関連性miRNAとの相互作用は、環状RNAが疾患の制御に非常に重要な役割を果たすことを示している。
実験操作フロー:
1、サンプルRNA抽出
2、RNA品質検査
①Nanodropを用いて分光光度計260 nm、280 nm、230 nmにおけるRNAの吸収値を測定し、濃度を計算し、純度を評価した。
②ホルムアルデヒド電気泳動試薬を用いて変性アガロースゲル電気泳動を行い、RNA純度と完全性を測定する。
③RNA QCレポートを提供する。
3、RNase R処理
4、cDNA/aRNAサンプルの合成と標識
5、標識効率品質検査Nanodropを用いて蛍光標識効率を検査し、標識効率が合格して、後続のチップ実験結果の信頼性を保証する。
6、チップハイブリダイゼーション
標識されたプローブと高密度ゲノムチップを標準条件下でハイブリダイゼーションする。
7、画像収集とデータ分析
GenePix 4000 Bコア月間スキャナを用いてチップの蛍光強度を走査し、実験結果をデジタル型データに変換して保存し、付属ソフトウェアを用いて生データを分析演算する。
8、実験報告書を提供する
①Scanning Image:Cy 3蛍光スキャン画像、
②Scatter Plot:散点図、X軸はControl信号値、Y軸はExperiment信号値であり、信号データの全体分布傾向を表す、
③Raw Data:プローブの走査蛍光信号強度生データ、
④Normalized Data:統計学的方法により標準化された数値、
⑤P-value:T-test顕著な差異発現の遺伝子を統計的に分析し、p-valueが小さいほど、このcirCRNAは2群のサンプル間の差異発現が顕著である
⑥significant Up&Down Regulated CircRNA List:顕著な差異表現のcircRNAリストには、Fold Change、p-valuel、およびcircRNAの詳細な注釈情報(対応する線形mRNAとmiRNA結合部位)が含まれている。
顧客提供:
1、被験者は組織サンプルであり、適量(50-100 mg)の新鮮な組織サンプルまたは正しく保存された組織サンプルを採取し、使用
BioPulverizer TM凍結粉砕組織、1 mのRNA抽出試薬TRIzol(Invitrogen)を加え、Mini-Bead-Beater-16を用いて均質化した後、RNAを抽出した。
2、被験者は細胞サンプルであり、各サンプルは1 x 106 ~ 1 x 107細胞を採取し、1 mのRNA抽出試薬TRIzol(サンプルは壁貼り細胞で、10 cm 2培養皿あたりTRIzo 1使用量は1 ml)を加え、分解後にRNAを抽出した。
提供基準:
1、チップ検出データ
2、完全な実験操作規程、実験報告(ソフトウェア分析結果を含む)及び実験材料
実験代行サービス:
|
|
|||
|
|
|
||
|
|
|||
|
|