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住所
北京市朝陽区中安盛業ビル
概要
ナノ細孔三世代シーケンシング測定器GridIONは経済的でコンパクトなデスクトップシステムであり、オンデマンドシーケンシングと統合されたリアルタイムデータ処理機能を提供する。GridION Mk 1は5つのストリームユニットを同時にまたは単独で実行することができ、総生産率は150 Gbに達し、多忙な実験室とサービスプロバイダに長読み取り長リアルタイムナノ細孔シーケンシングの利点を提供する経済的で手頃なアクセスを提供した。統合された高性能データ処理により、複雑なITインフラストラクチャへのニーズが軽減されます。
製品詳細
一、製品の概要
オックスフォードナノ細孔技術®のナノ細孔三世代シーケンサGridION™Mk1コンパクトなデスクトップシーケンシングシステムです。最大5つのシーケンシング実験を同時にまたは単独で行うことができます。この部分のリソースを一度に使用する多寡を選択することができます。GridION Mk 1は、ナノ細孔配列決定をサービスとして提供することもできます。
GridION Mk 1には5つのシーケンシングポートがあり、MiniON/GridIONストリームユニットまたはストリームユニット付きFlongleアダプタに接続でき、高性能集積コンピュータと基調加速器を搭載している。この装置は、5つのストリームユニット／FLongleによって生成されたデータをリアルタイムで呼び出すことができる。現在の化学およびソフトウェアは、GridION Mk 1の実行中に150 Gbaseまでのデータを生成することをサポートしています。
GridION Mk 1を構築するために必要なインフラストラクチャは極めて少なく、アップグレードする必要はありません。新しいデバイスは電源だけで、Ethernetポートを介したネットワーク接続が必要です。キーボードやマウスなどの周辺機器には、3つのUSB 3.0インタフェースが用意されています。モニタはisplayPortで接続する必要があります。設備はC 13線を通じて市電から電力を供給し、電源投入時に前面パネルの電源ボタンを通過する。
二、コア技術
Oxford Nanopore配列決定はナノ細孔単分子検出技術に基づいている。配列決定の際、核酸分子（DNA/RNA）は、モーターゼ駆動下で、ナノ細孔を単鎖状に塩基単位で通過する。塩基が通過すると、ナノ細孔内の電流強度が変化し、塩基（A、T、C、G）および修飾塩基に対応する電流信号に違いがある。デバイスはこれらの電流変化をリアルタイムで捕捉し、MinKNOW™などのソフトウェアを塩基配列に変換し、単分子直接配列決定を実現する。この技術はPCR増幅を必要とせず、塩基修飾情報を保持することができ、しかも読み取り長は制限されず、リアルタイムデータ分析を実現でき、携帯性と効率性を兼ね備えている。
三、設備性能優勢
1.柔軟性：ナノ細孔三世代シーケンサGridION™Mk1最大5つの独立したMinion Flow Cellを同時に実行することができ、サンプル別の並列シーケンシングまたは単一サンプルのマルチチャネル重畳をサポートし、多様な本処理に柔軟に適応したり、データの深さを向上させたりするニーズに適応し、実験効率を大幅に向上させることができる。
2.リアルタイムデータ取得：即時にシーケンシングデータを生成でき、完全なシーケンシングプロセスの終了を待つ必要がなく、迅速に着地可能な分析見解を得ることができ、特に応急検査など時効に対する要求が高いシーンに適している。
3.統合コンピューティング能力：内蔵*計算モジュール、直接リアルタイムデータ分析を行うことができ、複雑な外部ITインフラストラクチャに依存する必要がなく、設備配置の敷居を下げ、実験操作プロセスを簡略化する。
4.コンパクトコンパクト設計：設備の敷地面積が小さく、デスクトップ式の配置を採用し、実験室のスペースを節約し、各種実験室環境に適合し、配置設備のために単独で大面積区域を計画する必要はない。
5.無制限リード長：短い断片から超長い断片までの任意の長さの核酸分子に対して配列決定を行うことができ、断片の長さに制限されず、ゲノムの複雑な構造変異などの難題を効率的に解析することができ、伝統的な短読長配列決定の限界を突破することができる。
四、適用応用
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1.細菌マクロゲノム学：5つの独立Flow Cellは並行してサンプルを処理でき、超長読長を結合し、菌群構造と機能遺伝子を正確に解析し、48 GB/チャンネルデータは複雑な菌群の多様性研究を満たす。
2.細菌分離株：単一チャンネルの高データ出力は分離株ゲノムの高被覆度を保障し、迅速に組立と注釈を完成し、力耐性遺伝子、毒力因子などの重要な情報解析を支援する。
3.細菌全ゲノム：PCR増幅による配列決定の選好を減らす必要はなく、ゲノム重複配列の難題を超長読長、高効率に解決し、細菌進化の源追跡、分子分類に高品質データを提供する。
4.ウイルス増幅子：リアルタイムデータ出力は迅速にウイルス変異を識別し、多チャンネル並列に多種のウイルス増幅子を同時に検出でき、ウイルス変異のモニタリングと疫学調査の効率を高める。
5.全長16 S rRNA：16 S rRNA全長配列をカバーし、短読長分類のあいまいな問題を回避し、多チャンネルは大量のサンプルの並行を支持し、菌株レベルの正確な鑑定を実現する。
6.全エキシマサブグループ：高データ量はエキソン領域の深さ配列決定の需要を満たし、超長読長精密検査は挿入欠損などの複雑な変異を検出し、遺伝病、腫瘍関連研究に重要なデータを提供する。
7.全転写群（cDNA）：接合なしで全長cDNA配列を取得でき、可変せん断亜型を明確に区別でき、多チャンネル並列で低豊潤度転写本の検出効率を向上させる。
8.より小さな転写グループ（直接RNA）：直接RNA配列決定は塩基修飾情報を保持し、超長読長は完全転写本配列を獲得し、適合ウイルス、低等生物小転写群の研究、迅速に転写動態を解析する。
五、適合試薬とソフトウェア
Flow Cell互換性：MinionシリーズのすべてのFlow Cell（例えばR 9.4.1、R 10.4）をサポートし、DNA専用、RNA専用及び修飾検査専用モデルを含む、
ソフトウェアエコ：標準MinkNOW™（データ収集）、Guppy（塩基識別）、Minimap 2（配列比較）、Nanoplot、Flyeなどの第三者分析ツールと互換性がある。
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