にじげんシーケンシング

にじげんシーケンシング紹介：

見かけ遺伝学（epigenetics）は現在の分子生物学研究のホットスポットの一つであり、DNAメチル化配列決定は見かけ遺伝学の重要な内容であり、ゲノムDNAの主要な見かけ遺伝修飾形式の一つである。DNAメチル化とは、DNAメチル転移酵素（DNMTs）の触媒下で、メチル基をシトシン塩基上に転移させる修飾方法を指す。それは主に二重ヌクレオチドCpG島に富む地域で発生している。通常、CpG島は非メチル化形態（アクティブな形態）で存在し、DNAのメチル化は遺伝子発現の沈黙を引き起こす可能性がある。DNMTsの活性異常は病気と密接な関係がある。正常な細胞機能の維持、ゲノム遺伝的刻印の伝達、胚発育及びヒト腫瘍の発生に対して、極めて重要な役割を果たしている。

上海翼と生物は亜硫酸水素塩（bisulfite）で処理し、多重PCRで目的の断片を増幅し、barcodeと配列決定汎用継手を添加し、Illumina X 10にじげんシーケンシングプラットフォームはPCR生成物に対して高スループット配列測定を行い、生物情報学的方法を利用して、目標区間内のメチル化部位のメチル化状態を正確に定量計算し、目標区域の検出を完了すると同時に研究費用を大幅に削減する。

Hi-MethylSeqは亜硫酸塩変換、標的増幅子の高フラックス配列測定技術を結合し、多段、多位点のメチル化精密定量分析を実現することができる。本方法は興味のある目的フラグメントのメチル化研究に適用し、大サンプル中で全ゲノムメチル化研究により選択された陽性部位をさらに確認する。

重亜硫酸塩処理はDNAメチル化配列測定におけるゲノムDNA処理の金基準であり、化学過程であり、DNAの損傷を引き起こすことができ、100%の変換効率とDNAの完全性を同時に実現することは難しく、両者は一定のバランスをとる必要がある。Hi−MethylSeqターゲット領域以外の3段非CpG島配列を内部対照として選択し、サンプルの転化率を正確に評価した。