Phasing遺伝子位相決定ライブラリー−Samplix単細胞分析

ハイファイ遺伝子ライブラリー調製装置

Phasing遺伝子位相決定ライブラリー−Samplix単細胞分析：高スループット単細胞、単分子、ナノ粒子乳化液滴のカプセル化と選別システム

ウェイク単分子、細胞、細胞器、ナノ粒子カプセル化及び高スループット選別を実現することができる。DNAカプセル化により、大型で複雑な遺伝子バンクをqian suo wei youの速度でスクリーニングすることができる。

Xdropせいぞうがた

Phasing遺伝子位相決定ライブラリー−Samplix単細胞分析高分解能下流分析のために生きた哺乳動物または微生物細胞、細胞器、DNAまたは他の生物材料を調製するための多機能でユーザーフレンドリーな装置である。

私たちのXdropキットを使用して、Xdropは安全かつ迅速に生細胞、細胞器またはDNA断片を測定化学物質とともに高度に安定な皮升体積二乳化液滴にカプセル化した。これらの液滴は、移液、渦、インキュベーション、フローサイトメトリー、選別、さらには長期保存によって安定している。さらに重要なことに、細胞を液滴から回収して増幅することができる。

適切な分析技術とともに、Xdropの応用は以下を含む：

1ヒト免疫細胞、NK細胞

2微生物細胞の酵素分泌

3哺乳類細胞分泌サイトカイン

4遺伝子編集を検証し、意外な標的と脱標的再配列の評価を含む

Xdropにより、研究者は人間、動物、植物、微生物の細胞機能とゲノム学をより簡単に深く理解することができる。Xdropはまた、偏差のない全ゲノム増幅のためにDNAをカプセル化することを含む、他のワークフローのための単一エマルジョン液滴を生成することができる。Xdropに必要なすべての試薬、キット、付属品を提供します。また、ユーザートレーニングは私たちの標準的なXdropインストールサービスの一部です。

優位

1 Xdropは、機能測定、インキュベーション、表現型分析、およびスクリーニングのために、非常に安定な双乳液滴中に生きた哺乳類または微生物細胞を包むことができる。

2 Xdropは工学細胞と遺伝子治療研究における重要な問題に答えるのを助ける。

3 Xdropは分子工学のワークフローをサポートし、酵素進化と経路工学を含む。

4 Xdropは、各分子生物学実験室がマイクロ流体の*機能を使用できるように、ユーザーフレンドリーなインタフェースと小さな敷地面積を備えています。

にじゅうにゅうかキット

すべての試薬はキットに含まれ、操作ごとに数百万個の細胞または分子をカプセル化することができる。

Xdropソート分離型の作成

このXdropファミリーの新しいメンバーは、蛍光に基づく細胞選別の経験を必要とせずに、ユーザーフレンドリーなワークフローで二重エマルジョン液滴を生成し選別することができる。

仕事の流れは高度に安定した液滴から100 kb DNA断片、小単細胞またはその他の生物材料を捕獲してから始まり、PCRや酵素活性評価などの測定に用いられる。次に、液滴内の含有物蛍光に基づいて液滴を選別し、高分解能下流分析のために関心のあるサンプルのみを取得する、例えば：

予期しない並べ替えPCR偏差を非表示にしないCRISPR編集の検証

ウイルスとトランスジェニックの統合部位を識別する

単細胞レベルでの酵素活性の評価

高スループットGFPフィルタリングの実行

利点：

・長セグメントを的確に富化できる

・高感度-単分子検出

・DNAの内在性を維持する

・事前シーケンス知識はほとんど不要

・PacBio、Nanopore、Illuminaシーケンシングに対応

・自動マイクロ流体システムによる容易な設定

・回転時間を数週間から数日に短縮

適用：

・構造変化

・複雑なサンプル（例えば癌生検）

・シーケンシングが困難な領域（例えばGCリッチ）

・ゲノム間隙閉鎖

・遺伝子定相/遺伝子分型/単倍体分型

・耐性遺伝子を宿主に関連付ける

・低豊度領域のシーケンシング

・重複領域の評価

・ナックDNAのみを含むサンプル

補助材料

1、DE 50インクカートリッジ-哺乳動物細胞を双乳液滴に包むためのインクカートリッジ

高度に安定した~ 100ピコリットルの双乳液滴を産生し、哺乳動物細胞をカプセル化し、大細胞を単細胞検査に転化した。Xdrop DE 50 Cartridgeを使用するワークフローには、サイトカイン分泌および細胞破壊アッセイが含まれる。試薬とサンプルをロードし、キットをXdropに入れてプログラムを実行するだけです。

8つのサンプルを同時にまたは単独で実行

CO 2培養タンク中で細胞を用いて培養した液滴を、8分間で1コース当たり最大500,000個の液滴を生成した

選択したセルを拡張用に復元

2、DE 20インクカートリッジ-微生物細胞、細胞器またはDNA長断片を双乳液滴に包むためのインクカートリッジ

独立したXdropDE 20小柱を用いて、数百万個の微生物細胞、細胞器、またはDNAをカプセル化するために、高度に安定した約1.5ピコリットルの二乳化液滴を生成する。各液滴は、単細胞分解能アッセイまたはDNA標的濃縮のための区画として機能する。試薬とサンプルをロードし、キットをXdropまたはXdrop Sortに入れてプログラムを実行するだけです。

8つのサンプルを同時にまたは単独で実行

45分以内に1コースあたり1000万個までの液滴を生成してCO 2培養箱に細胞で液滴をインキュベートする

選択したセルを復元して拡張し、汚れのないワークフローを確保

3、DE 20選別箱-DNAまたは小細胞を含む二乳液滴を選別する

蛍光DNAまたは小細胞を含む二重乳化液滴を、新規なXdropDE 20選別ボックスを用いて選別した。このユーザーフレンドリーなシステムは、蛍光選別器に関する専門知識を必要とせずに、私たちの新しい機器Xdrop Sortと一緒に使用するために設計されています。試薬とサンプルをロードし、キットをXdrop Sortに入れ、選別プログラムを実行するだけです。

同時に8個までのサンプルを実行して毎日数十億個の液滴を選別して汚染のない作業フローを確保する

4、SE 85インクカートリッジ-DNA、RNA、細胞器または小細胞を単エマルジョン液滴に包むためのインクカートリッジ

独立したXdrop SE 85カートリッジを用いて、数百万個の分子、細胞器、または細胞をカプセル化するために単一エマルジョン液滴を生成する。各液滴は、単分子または単細胞分解能測定のためのコンパートメントとして機能する。試薬とサンプルをロードし、キットをXdropまたはXdrop Sortに入れてプログラムを実行するだけです。

8つのサンプルを同時にまたは単独で実行

40秒以内に1レーンあたり50,000個を超える液滴を発生させて汚染のない作業フローを確保する

アプリ

Xdropが使用する独自の微小流体技術は、生物材料をカプセル化するために高度に安定した二重乳化液と単乳化液滴を生成する。

このような多機能でユーザーフレンドリーな機器は、孵化、分析、分類、分子スペクトル分析を含む一連の下流の目的のための、生きた哺乳類や微生物細胞などの生命のコンポーネント、またはDNA長断片をカプセル化する。

Xdrop Sortは、Xdrop独自のマイクロ流体技術に基づいて、カプセル化された生体材料に基づく蛍光選別二乳液滴の能力を高めた。

以下はいくつかの代表的な応用である。

細胞機能解析：

・ヒト免疫細胞、NK細胞

・微生物細胞の酵素分泌

・哺乳動物細胞分泌サイトカイン

ゲノム学的応用：

・構造変化

・複雑なサンプル（例えば癌生検）

・シーケンシングが困難な領域（例えばGCリッチ）

・ゲノム間隙閉鎖

・遺伝子定相/遺伝子分型/単倍体分型

・耐性遺伝子を宿主に関連付ける

・低豊度領域のシーケンシング

・重複領域の評価

・ナックDNAのみを含むサンプル

植物ゲノム学の応用：

・植物品種中の特定のゲノム領域を豊富にする

・参考ゲノムのない大麦品種における生合成遺伝子クラスタの構造を明らかにする

・トマト品種における生合成遺伝子クラスタ構造の空白を埋める

適用例：

1、全ゲノムの正確な増幅

実際、ターゲットゲノムの99%は、ライブラリーのシーケンシング読み取りによって一度だけではカバーされていない。

Xdrop dMDA技術を用いた増幅遺伝子は、入力量が1 pg未満であっても正確に全遺伝子を増幅することができる。

2、遺伝子位相決定Phasing

CYP 2 D 6*7対立遺伝子は1つの単ヌクレオチド多型（SNP）を含み、CYP 2 D 6*25 Aは22のSNPを含む。

Xdrop技術はPhasingを含む23種類のバリエーションを正確に検出することができる（下図参照）。

Xdropは簡単な設計と長いDNA断片（~ 100 kb）の間接配列捕捉により応用を支援する。長読長配列決定と結合して、Xdropは単一遺伝異質サンプル中の遺伝子位相決定の困難を克服した。

濃縮された高忠実度は、対立遺伝子のうちの1つまたは複数のSNPを検出し、abinitio組立によって構造変化を解決することができる。

3、遺伝子の複雑な構造変化を監視する

破断点を横切る示度の詳細な分析により、8番染色体上の領域に複数のHPV 18統合部位が存在することが明らかになった。PacBio、Oxford Nanopore、Illuminaデータセットは、識別された統合ビットをサポートします。

Xdrop技術は新しい標的DNA濃縮方法であり、そのuniqueは天然DNA断片を選択、濃縮、配列決定することができることにある。これにより、未知領域を含む大きなゲノム部分（約100 kb）を濃縮することができる。Xdropを使う？方法によって生成された長いフラグメントは、長読取りシーケンシングだけでなく、短読取りシーケンシングに価値のあるコンテキスト情報を提供することもできます。

4、未知の関心領域（ROI）のシーケンシング

PCR及びプローブに基づく標的DNA濃縮方法は、緻密な設計最適化及び完全な関心領域（ROI）知識を必要とする。これらの従来の方法は、複雑なゲノム環境（例えば、重複領域、構造変異、GCに富む領域）、および未知で再配列された領域の特性化にも失敗した。これらの制限を克服するために、Samplixは間接シーケンスに基づいて捕捉されるXdrop濃縮ワークフローという新しいマイクロ流体方法を開発した。

Xdropは、ROIの一部または側面領域に対応する検出配列上に単一プライマー対を設計する必要がある長さ（~ 100 kb）ターゲットDNA領域を濃縮することができる。この増幅子は全長ROIの検出、選択、濃縮に特化し、最終的に捕獲とシーケンシングを行う。

Xdropを使う？これらの課題領域を解決するための技術的能力は、ゲノムの大きな割合を表す可能性がある多くの他の課題領域を解決するための扉を開く。Xdrop濃縮と長読と短読シーケンシング技術を結合することで、複雑なゲノムシーンを迅速かつ経済的に解決し、全ゲノムシーケンシングをバイパスするために必要な高解像度を提供することができる。

5、CRISPR遺伝子編集操作の識別と確認

簡単な設計と長いDNA断片の間接配列捕捉により、Xdropは一般的には発見が困難でコストがかかるトランスジェニック挿入部位の識別に役立つ。

構築物中のランダム統合と宿主ゲノム配列の存在は統合部位同定を複雑にする。Xdropはゲノム工学の検証を簡単に明らかにした。

じっけんてじゅん

1、dPCR試薬を混合する

DNAを標的特異性pri−mersを含むdPCR反応混合物に添加した。

2、シート上の液滴生産

反応は、水中水（DE）液滴を製造するために液滴発生器チップ上に分配される。

3、高分解能微小滴型ポリメラーゼ鎖反応

液滴は熱サイクルを経て、数百万個のPCR-re操作を並行して実行することができる。蛍光液滴を検出することにより、標的DNA分子を担持する液滴を識別することができる。

4、液滴のカウントと分離

細胞選別装置（FACS）を用いた検出と分離が完了し、標的DNA分子を含むPCR陽性液滴を収集できる選別装置

5、濃縮DNAの増幅

長いDNA断片の濃縮単分子は、液滴多変位増幅（dMDA）によって増幅され、偏光のないDNA増幅と標的領域の均一な被覆を確保する。

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細胞治療、細胞療法、細胞殺傷、免疫療法、殺傷細胞、細胞免疫、哺乳動物細胞、微生物細胞、単細胞、細胞機能、遺伝子配列決定、細胞ゲノム学、単細胞配列決定、Sanger配列決定、NGS、PCR、T 7核酸インターロイナーゼ1ミスマッチ検出分析、追跡挿入欠損TIDE、増幅子分析（IDAA）検出挿入欠損、全ゲノム配列決定WGS、比較ゲノムハイブリッドCGH、Southern印影、Fiber-FISH、FISH、CRISPR/Cas