◆1−微生物サンプリング：多くの微生物は寒天平板上で繰り返し成長できるため、第一歩は正しい培養条件を見つけることである。寒天平板上で細胞を培養するという簡単で一般的な技術を用いて、便利なサンプル調製を実現することができる。例えば、細菌はまず寒天平板上の異なる細胞密度の象限で16〜24時間培養し、非常に信頼性の高い結果を得ることができる。第3象限からのみコロニーを採取する。研究により、この方法の成功の鍵は収集条件の標準化と寒天平板上の細菌成長の一致性にあることが分かった。いくつかの改良（例えば、液体培地の改変、または培養時間／温度の変更）を行うこともできる。しかし、信頼性の高い結果を得るためには、すべての測定が同じ条件で行われていることを確認する必要があります。

◆2−細菌測定技術：微生物同定のための技術は、単純で高い再現性を必要とする。微生物溶液がゆっくり乾燥すると、微生物細胞は固体生体膜を生成する。このプロセスを最適化することにより、操作が容易なサンプル調製プログラムが得られ、赤外線測定に必要な再現性を満たす。赤外光は生体膜を透過し、細胞中に存在する異なる分子部分に吸収され、測定された菌株ごとに特有の化学指紋を生成する。

FT−IR微生物同定について、私たちが最も関心を持っている問題は結果の精度であり、その鍵は参照ライブラリの品質にかかっている。微生物のライブラリは一般的なライブラリとは異なり、結果の信頼性を保証するためには、標準化された条件下でシステム化されたライブラリを構築する必要があります。

まず、微生物の繰り返し培養を確保する必要がある。培地、培養条件（例えば時間、温度）及び試料前処理は赤外スペクトルに影響を与えるため、これらの条件は標準化操作規程を作成する必要がある。

第二に、試料の前処理過程における非相同性と変異性（例えば試料量、菌膜の乾燥程度など）及び測定因子（例えば試料が粒子を呈することによる光散乱など）は赤外スペクトル図に影響を与える。したがって、赤外線スペクトルの再現性を確保するためには、同じサンプルを複数回測定する必要があります。

第三に、赤外線同定を行う未知のサンプルの信頼性は、参照スペクトルのライブラリ信頼性に基づいて構築される。そのため、参考菌株は信頼できる方法で同定しなければならない。そうしないと、スペクトルライブラリ内の不正な情報が最終的な鑑定結果の偏差につながります。複数の顕著なスペクトル領域を組み合わせて、既知の細菌菌株のデータベースを構築することができる。未知の細菌を分類し、同定するために、スペクトル情報を既知の細菌の参照データベースと比較し、スペクトルパターンが未知の菌株と一致する微生物を示した。異なる微生物スペクトルの類似度は、樹状図の形式で図形化して記述することもできる。