健康な水生態系において、適量の葉緑素aは水生植物と藻類の正常な成長を代表し、それらは水生食物連鎖の基礎であり、魚類とその他の水生生物に食物と酸素を提供する。しかし、水体中の栄養物質（例えば窒素、リン）が過剰になると、クロロフィルaの濃度が急激に上昇し、藻類の過度な繁殖、すなわち私たちがよく言う「水華」または「赤潮」現象を引き起こす。この現象は水体の生態バランスを深刻に破壊し、水生生物の生存に影響を与える。

水体クロロフィルa濃度に注目することは、水体の富栄養化の程度に直接関係しているため重要である。富栄養化は重大な水環境問題であり、水体の透明度の低下、溶存酸素の消費、魚類の死亡、さらには藻毒素の発生を招き、人類の健康と生態環境に深刻な脅威をもたらす。そのため、クロロフィルaの濃度を監視制御することにより、水体の富栄養化を効果的に予防し、水生態系の健康と水資源の持続可能な利用を保障することができる。

水体中のクロロフィルa濃度が国家基準または適切な範囲を超えると、一連の深刻な生態問題が発生する。直接的に引き起こされるのは、水体の透明度が急激に低下し、水中植物の光合成に影響を与え、水生生態系構造のアンバランスを招くことである。次に、大量の藻類が死亡すると分解して水に酸素を溶かし、水体の酸素不足をもたらし、魚類や他の水生生物の大規模な死亡を引き起こすこともある。さらに深刻なのは、いくつかの藻類（例えば藍藻）が藻毒素を産生し、これらの毒素は水生生物だけでなく、食物連鎖を通じて伝達され、最終的に人類の飲料水の安全と体の健康を脅かす。例えば、クロロフィルa濃度が高すぎると、水体は緑色または青緑色を呈し、異臭を伴い、水体の景観と使用機能に深刻な影響を与える可能性がある。