イオン交換樹脂床を効果的に管理することは、超純水システムの最適な性能を実現する上で極めて重要である。イオン交換樹脂の再生と交換の際に採用される予防的メンテナンス計画は固定的な実施頻度と強い時効性を有し、対照的に、混合樹脂床と研磨ループ樹脂床の後に超純水水質を連続的にリアルタイムで監視することは、より良い制御戦略である。時間ベースの樹脂交換再生の前に樹脂床が枯渇すると、有害イオン汚染物質が超純水に入る。逆に、樹脂を頻繁に再生したり交換したりすると、無駄に運用コストがかさむ。イオン親和性の違いにより、オンライン型ホウ素濃度分析器を用いてイオン交換の有効性を測定することは、オンライン型シリカ分析器を用いて同様の目的を達成することよりも優れている。