微生物実験室は一般的に清潔区、操作区と無菌区の3つの区域を含み、準備室、培養室、菌種室、消毒室、無菌室などの複数の部屋に分けることができる。微生物実験室は専門分野（環境保護、食品、薬品、医学など）と性質（教育、生産、科学研究、検査など）の違いによって、実験室の構成と規模に大きな差がある。