生物高分子分離の分野では、毛細管電気泳動計が優位を示している。その高分解能は、単抵抗性薬物の電荷変異体を毛細管領域帯電泳動（CZE）によって分離したり、毛細管等電気集束（CIEF）によって等電点差がわずか0.03のタンパク質変異体を分離したりするなど、タンパク質の電荷異性体を区別することができる。核酸分析に対して、CEは塩基、ヌクレオチドの高感度検査を実現でき、DNA配列測定、PCR産物分析及び蛋白質-DNA相互作用研究を支持する。また、ミセル電気毛細管クロマトグラフィー（MEKC）は界面活性剤を添加することによりミセル相を形成し、帯電と中性分子を同時に分離することができ、アミノ酸、薬物などの小分子のキラル分離に適している。従来の液体クロマトグラフィーに比べて、CEはサンプルの使用量が小さく（nL級）、分析速度が速い（数分から数十分）という特徴があり、しかも相を固定する必要がなく、クロマトグラフィーカラムの老化問題を回避し、生物製薬、遺伝子工学などの分野の分析ツールとなっている。