広く使われているCell Painting解析などの画像に基づく表現型解析方法は、高内包イメージングと多パラメータ出力を用いて細胞中の生物、遺伝、化学的摂動を研究する。このようなますます流行している方法は、薬物発見プロジェクトからゲノムスクリーニング研究に応用されている。標準的なCell Painting実験では、様々な細胞器と構造（細胞核、細胞質、ミトコンドリア、ゴルジ、内質網、細胞骨格、細胞質RNAと核仁）が5つのイメージングチャネルで採取された。このような広範な細胞染色は、単細胞分解能で多様な形態の摂動を監視し、定量することができる。発表されたCell Painting解析の限界には、適切な染料可用性の狭さと、イメージングシステムが十分なスペクトル分離能力を提供することが含まれる。具体的には、ゴルジ体とアクチンは同じチャンネルを通じて画像化されており、画像解析においてこの2つの構造を区別することに挑戦している。この制限は、hitの選択を妨げたり、特定の化合物の効果を覆い隠したりする可能性があり、特に、ゴルジ（生物合成経路）または細胞骨格ネットワークに影響を与える作用機構（MOA）を有する化合物である。