プロフィール
単細胞RNA配列決定（scRNA−seq）は、複雑な細胞および組織サンプル中の遺伝子発現を非偏在的に特徴づけるための技術である。scRNA−seq chediは現代生物学を変えたが、技術的には依然として挑戦的であり、通常はコストが高い。現在市場にあるソリューションは、数万個の細胞の初期プールを持つ場合に、細胞の小さな部分を効果的に分析することができる。しかし、希少細胞群を処理するscRNA−seqライブラリーの調製の簡略化されたスキームは依然として欠落している。ここでは、性価比が高く、高感度なscRNA−seqのための新しいオリフィスプレート検出法を開発した。このワークフローは、希少細胞群からの希少サンプルライブラリーの製造をサポートする。この新しいワークフロー（図1）では、専用および最適化された単細胞ライブラリー製造システム（MERCURIUS高感度BRB−seqキット、Alithea Genomics，スイス)。
単細胞分配
まず、シーケンシングライブラリーの調製に先立ち、専用分解緩衝液中に単細胞を分配するDispenCellの能力を試験した。リンパ球系は凍結バイアルから解凍し、2回継代した後、単細胞懸濁液中で収穫した。10μm細胞フィルター（Miltenyi Biotec、ドイツ）を用いて細胞を濾過し、RNAseを含まないメチルセルロース分配溶液（DispenMe、SEED Biosciences）中でカウントし、最終濃度2×104 cells/mLに希釈した。次に、DispenCellセンシングヘッドを用いて細胞懸濁液から200個の細胞を装填した。DispenCellを設置して単細胞を384ウェルプレートに分配し、ウェルプレートに4.2μL分解緩衝液（HSBRB seqキット、Alithea Genomics）を予備装着した。最初の96個の穴の割り当ては約7分です。次に、下流分析に十分なサンプルがあるので、分配を停止します。
単細胞質量制御
分配後、直ちにSEED Biosciencesが開発したソフトウェアDispenSoftを用いて単細胞品質制御後処理を行った。オリフィスプレートの各オリフィスは色で符号化されたマトリックスで表されている（図2.a）。オリフィスに単一の細胞が含まれている場合、ソフトウェアは緑色と表記し、赤色のオリフィスには0個以上の細胞が含まれているため、廃棄すべきである。破片と細胞を区別するために、大きさに基づくヒストグラムをゲート制御することで閾値を設定する（図2.b）。閾値を超えるピークだけが細胞とみなされる。
ここでは、77個の単細胞孔（80%単細胞分離率）を得た。DispenSoftを使用すると、元のインピーダンスデータも記録プロセスに使用できます。各インピーダンス曲線を手動でチェックできます。シングルスパイクは単細胞の特徴であり（図2.c）、複数の細胞は複数のピークを産生する。これは、DispenCellが単純、迅速、およびwanquanトレーサビリティのプロセスで分解緩衝液中に単細胞を分配できることを示している。