DNA/RNA合成装置（DNAを例に）の使用方法は試薬の準備、配列入力、パラメータの設置、合成カラム検査、管路洗浄、合成過程の監視及び製品処理などの多くの段階をカバーし、以下に詳細に紹介する：

試薬の準備：

シンセサイザー上のすべてのバイアル瓶の中の試薬量をよく検査し、必要に応じてバイアル瓶を交換し、特にアセトニトリルなどの使用量の大きい溶剤に注意してください。

試薬瓶群とアルカリ瓶群の密封が良好で、一定の圧力を維持し、外気の進入が合成効果に影響することを防止することを確保する。

シーケンス入力：

合成するDNA配列を合成装置に入力するには、コドン選好性、二次構造、制限酵素部位などの要素を考慮して、コンピュータ支援設計ソフトウェアを通じて完成することができる。

選択した合成ステップが正しいかどうかを確認し、合成プロセスが事前に設定されたプロセスに従って行われることを確認します。

パラメータ設定：

終了方法を選択すると、機器の元の状態は通常TritylOffAutoであり、5'-DMT基で結合してオリゴヌクレオチドを精製しようとすると、それをTritylOnAuto終了状態に変換する。

各カラムモニタの「Username」で、保存したい名前を入力して、後続の管理と追跡を容易にします。

それぞれの収集瓶をコードで置換し、識別と分類を容易にする。

合成カラムチェック：

StartColumn手順を実行して各カラムの位置をチェックし、位置偏差による合成失敗を回避するために、合成装置上の合成カラムが正しい位置にあることを確認します。

合成計に接続された溶剤の残留（廃液ボトル）が充満しているかどうかを検査し、廃液ボトルの過剰充満による液体の溢れ出しを防止し、合成環境に影響を与える。

配管洗浄：

もし分部収集器が各DMT脱保護ステップの流出物を収集するために使用されたら、試験管が十分に清潔であることを確保し、分部収集器を開き、DMT廃液管路が分部収集器に通じることを確保する。

循環を開始し、プログラムを実行して試薬管路を洗浄し、元の試薬を除去し、古い試薬が新しい合成反応に干渉するのを防止する。

合成プロセスの監視：

合成過程において、各DNA合成サイクル内に放出されるDMTカチオンの総コンダクタンスをコンダクタンスフローセルにより測定し、合成反応の進行状況を監視することができる。

定期的に合成器の運転状態を検査し、各パラメータ（例えば温度、圧力、時間など）が正常範囲内であることを確保する。

　　DNA/RNA合成装置合成完了と生成物処理：

合成が完了したら、担体を取り出して切断し、脱保護する。一般的に40 bp以内のDNA断片は少なくとも2時間かかり、鎖が長いほど時間がかかる。

適切な精製方式（例えばOPC精製、PAGE精製、脱塩精製、HPLC精製など）を用いて短い断片と塩イオンを除去し、生成物の純度を高める。

精製されたDNAに対して配列決定検証を行い、その配列が予想通りであることを確認した。