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水の病気、浮石者については、勢也」――「孫子兵法」。十分な速度さえ速ければ、石は水面に浮かぶことができると言った。先月、アニールの温度変化率を下げる話をしました(PCR反応手順の最適化の遅れ)PCR結果の最適化について、今日は方向を変えて、PCR反応時に圧縮を進める方法について話します。
圧縮時間の話をする前に、試験管(Tube)/モジュール(Block)の温度をコントロールする必要があります。一般/高速モードのいくつかの概念を紹介します。以下、柏恒Q 9606を図示例として説明する。

図1
モジュール温度制御:反応昇降温度は、モジュールのリアルタイム温度を基準とする。
試験管の温度制御:反応昇温時には、反応管内試薬のリアルタイム温度を基準とする。

図2

図3
実験編集が完了すると、実行ボタンをクリックするとヒントボックスが表示され(図2)、高速モードか通常モードかを選択します。
図3のプログラムを例に説明する:
高速モード:計器運転の昇降温度速度は8℃/sであり、昇降温度速度の全額運転実験を示している。
通常モード:計器運転の昇降温度速度は4℃/sであり、昇降温度速度の半額運転実験を示している。
異なる応用シーンで異なる反応パターンの組み合わせを選択し、以下に高速試薬をどのように調整するかの反応プログラムを共有する。
まず、機器の運転設定は高速モード+モジュール制御温度の組み合わせを選択し、反応時に圧縮を進める。第二に、総時間が一定であることを前提として、循環セグメントの変性とアニール延長の時間を合理的に分配する。最後に、次に利用可能な反応手順をスクリーニングした上で微調整を行い、再び反応セグメントの時間を短縮するか、または総時間の許容条件下で反応セグメントの時間を適切に延長して達成した反応効果を短縮する。
高速試薬に用いられる増幅酵素は、通常の試薬の酵素に比べてより高速な伸長速度を有するため、アニール伸長段を設定して反応する時間が長い場合に大幅な圧縮を行うことができる。圧縮変性反応時間が長い場合は注意しなければならない。モジュール制御を選択して使用するため、変性時間が短すぎると試薬の実温度が95℃未満または95℃の維持時間が不足し、テンプレートの解二重鎖が不十分になり、さらに信号の蓄積に影響を与えるため、変性反応セグメントの時間が過度に長くなるのはよくない。
柏恒Q 9600シリーズは提供可能最速8℃/secの昇降温度速度、そして等温差勾配機能(図4)を備え、通常の試薬の開発、検査を満たすと同時に高速試薬に良い反応プラットフォームを提供した。

図4