ポリペプチド分解器物理的、化学的または生物的方法によりポリペプチド鎖中のペプチド結合を遮断し、複雑なタンパク質を分析可能なペプチドセグメントに変換する。ポリペプチド分解器その技術経路は主に3つの体系に分けられる：

酵素分解法

原理：トリプシン、ペプシンなどのバイオ酵素の特異的切断能力を利用して、温和な条件（例えば37℃恒温）で特定アミノ酸残基（例えばリジン、アルギニン）カルボキシル基端のペプチド結合を正確に識別し、切断する。

利点：分解産物断片の長さは均一で、ポリペプチド配列分析、質量分析鑑定などのシーンに適している。例えば、トリプシンは16時間以内に牛血清アルブミンを理論的被覆度が80%を超えるペプチドセグメント混合物に分解することができる。

制限：酵素分解条件（例えばpH、温度）に敏感で、大量のプロリンまたは修飾アミノ酸を含むポリペプチドの処理が困難である。

かがくぶんかいほう

原理：強酸（例えば6 M塩酸）または強アルカリ（例えば水酸化ナトリウム溶液）により高温（100℃）条件下で分子級断裂を実現し、難分解コラーゲン、ケラチンなどに適用する。

利点：分解効率が高く、複雑なサンプルを処理できる。

制限：反応条件が激しく、非特異的な破断或いはアミノ酸側鎖修飾を引き起こす可能性があり、後続の精製工程が必要である。

ぶつりぶんかいほう

原理：レーザー（例えば193 nmエキシマレーザーパルス）を用いてナノ秒級時間内に局所超高温を発生させ、ペプチド結合に非熱力学破壊を発生させる。

利点：化学試薬の残留がなく、化学汚染に敏感なサンプル（臨床診断サンプルなど）に適している。

制限：設備コストが高く、操作技術の要求が厳しい。