電子顕微鏡（EM）のワークフローはサンプルの製造、設備の調整、イメージング及びデータ分析の4つの核心部分をカバーし、各段階は画像品質を確保するために細かく操作する必要がある。

サンプル調製はイメージングの基礎である。透過型電子顕微鏡（TEM）は試料の厚さが100ナノメートル未満であることを要求し、生物試料はグルタルアルデヒド固定、傾斜エタノール脱水及びエポキシ樹脂で包埋し、更に超薄切片機を通じてナノメートル級切片に切る必要がある、金属サンプルは、マイクロメートル級まで機械的に研磨した後、イオン薄化または電解二重噴霧法によりさらに薄くする必要がある。走査電子顕微鏡（SEM）試料は表面形態を保持する必要があり、生物試料は固定、脱水、臨界点乾燥及び金噴霧処理を経て、導電性を強化する必要がある。

設備の調整は電源を入れてから30分予熱し、機器が安定してから行う必要がある。まず電子銃を調整して電子ビームをサンプルに焦点を合わせ、分解能と輝度をバランスさせるために絞りによってビーム流径を制御します。その後、回転対物レンズと接眼レンズの焦点調整リングは焦点距離調整を行い、画像がはっきりしていることを確保した。サンプル特性に応じて適切な増幅倍率を選択し、高すぎて歪みを起こさないようにします。最後に、コントラストと輝度を調整して画質を最適化することにより、ステージを移動して目標領域を視野の中心に位置させます。

ハイビジョンイメージングフェーズでは、サンプルタイプに応じてイメージングモードを選択する必要があります。TEMは電子透過試料により高分解能画像を形成し、細胞内部の超微細構造を観察することができる、SEMは二次電子信号を利用してサンプルの表面形態を呈し、材料の表面特徴を分析するのに適している。撮影中、リアルタイムで画像品質を監視し、適時にパラメータを調整する必要がある。

データ分析の一環として、専門ソフトを利用して画像に対して拡大、回転、測定及び三次元再建を行い、構造パラメータと形態特徴を抽出し、科学研究に量子化根拠を提供する。