調査範囲の両端にサンプリング断面を配置し、調査範囲内の重点保護対象付近の水域にサンプリング断面を配置しなければならない。水文特徴の突然変異箇所（支流流入箇所など）、水質急変箇所（汚水排出箇所など）、重点水工構築物（取水口、橋梁トンネルなど）付近、水文駅付近などにサンプリング断面を設置し、その他水質予測を行う必要がある場所を適切に考慮する。